Les comptes de l'expédition permettent d'avoir une idée de la violence de l'attaque. Après cet échec, Geoffroy choisit alors la voie légale. Les procès seront nombreux et contradictoires, les bulles pontificales succèdent aux lettres patentes et, finalement, la mort de l'archevêque de Bordeaux laisse la voie libre à Geoffroy. Le ministère de Geoffroy laisse des traces dans les archives locales, en voici une concernant un boucher interdit d'exercer pour "avoir vendu de la truye pour du cochon ".
     Mais Geoffroy est appelé à d'autres charges. Il obtient par élection le siège épiscopal d'Angoulême à la place de Robert III de Montbron le 24 juillet 1465. Deux ans plus tard, il représente le clergé aux états généraux.

      Mais des nuages sombres se profilent à l'horizon. Geoffroy, allié indéfectible de la famille des Orléans, intrigue avec d'autres ecclésiastiques contre Anne de Beaujeu, régente pendant la minorité de Charles VIII. Les conjurés projettent un faux enlèvement du futur roi pour le soustraire à la tyrannie de sa sœur. Anne de Beaujeu est informée de la machination. Les prélats sont incarcérés à Mehun sur Loire et traduits devant le Parlement de Paris pour haute trahison. Quoique derrière les barreaux, Geoffroy s'oppose à la nomination de Jean de Laurière à la charge de président de la cour des comptes. Le maître d'hôtel du Roi qui doit garder les deux évêques, informe les envoyés du Vatican qu'il a surpris des lettres des prélats, rédigées en latin, langue qu'il ne comprend pas. Le pape Innocent VIII, déjà échaudé par l'affaire du cardinal de Balue, a envoyé nonces et enquêteurs pour assister ses évêques inculpés. Après une longue enquête et de nombreuses auditions, le parlement rend une sentence de compromis. L'accusation de haute trahison n'est pas retenue : les prélats ont agi pour protéger le futur roi et non pour lui nuire. Cependant ils seront exilés dans leurs diocèses.

     Le Roi meurt accidentellement peu après. Geoffroy de Pompadour assistera à ses obsèques, puis se rendra à Reims pour participer au couronnement de son ancien protégé Louis XII, fils de Charles d'Orléans.

     L'année 1502 sera la plus importante du ministère de Geoffroy de Pompadour, avec le grand Jubilé de la Vierge du Puy en Velay. La coïncidence de deux fêtes religieuses en ce printemps 1502 provoque une telle affluence au Puy "que l'on auroit dit que l'Italie l'Espagne et l'Angleterre s'étoient épuisées d'habitants". Les bousculades causent des centaines de victimes. L'évêque fait prendre des mesures de police pour contenir la masse des pèlerins qui ont déjà piétiné beaucoup de récoltes pour parvenir au Puy tant la capacité des voies de communications est insuffisante. D'autre part, pour le spirituel, il s'assure de la présence de plus de trois mille confesseurs .
Sa présence au mariage de sa petite nièce Marguerite de Pompadour avec le vicomte de Polignac et de son petit neveu François de Pompadour, vicomte de Comborn avec Anne de la Rochefoucauld mettra un terme à sa vie publique.

Pour conclure, je livre le portrait de Geoffroy dressé par A. Jouannel dans un article des sociétés savantes du Périgord : "Il me plairai de le voir à cheval casque en tête, rapière au côté, croix épiscopale étincelante sur sa cuirasse d'acier, très féodal et très gentilhomme au milieu de gens d'armes bardés de fer "